Du fait de ses liens avec la Monarchie, la basilique Saint-Denis va subir fortement les troubles révolutionnaires.
La ville construite autour de son abbaye prendra le nom de Franciade. Les ordres monastiques étant supprimés en 1791, les derniers moines abandonnent les bâtiments abbatiaux qui seront transformés en entrepôts de farine, puis en hôpital militaire, puis menacés de destruction, ce qui sera évité grâce à l’intervention de Napoléon.
La France en guerre contre l’Europe, a besoin de métal pour fabriquer armes et balles. La Basilique n’échappera au sort des autres édifices religieux, toits en plomb fondus, tout comme l’armature des vitraux.
La Convention décide en 1793 de s’attaquer à la destruction des tombeaux royaux, et loin des fureurs révolutionnaires populaires, confie à un entrepreneur un démontage méthodique des tombeaux royaux. Mais Alexandre Lenoir réussi à sauver un grand nombre de monuments, qui seront rassemblés dans le couvent des petits Augustins à Paris, aujourd’hui l’école des Beaux-Arts. Il n’empêchera cependant pas la profanation des tombes royales, qui reste un épisode marquant dans l’histoire de France. Les cercueils seront ouverts, et les dépouilles royales jetées en fosse commune, tout cela précisément consigné lors de procès-verbaux rédigés par des témoins visuels.
Aujourd’hui tous les tombeaux sont vides, et un ossuaire créé sous Louis XVIII et situé dans la crypte contient les ossements retirés des fosses communes.
Les années qui suivent laissent l’édifice dans un total état d’abandon.